Hoạt động cho vay và thu nợ có mối quan hệ chặt chẽ với nhau. Cùng với việc chú trọng tăng doanh số cho vay, công tác giám sát, thu nợ cũng được chi nhánh đặc biệt quan tâm. Lãi thu được từ hoạt động cho vay KHCN tăng đều qua 5 năm. Năm 2010, doanh số thu nợ của Vietinbank Huế đạt 1003,7 tỷ đồng, trong đó doanh số thu nợ KHCN đạt 297,9 tỷ đồng chiếm 29,7% tổng doanh số thu nợ. Năm 2011, doanh số thu nợ của chi nhánh tăng lên mức 1.054,8 tỷ đồng cùng với đó doanh số thu nợ KHCN cũng tăng cả về số lượng cũng như tỷ trọng đạt mức 323,6 tỷ đồng, tăng 8,6% so với năm 2010. Sang năm 2012, doanh số thu nợ KHCN là 356,6 chiếm tỷ trọng 32% trong tổng doanh số thu nợ của chi nhánh, tăng 10,2% so với năm 2011. Năm 2013 và 2014, tỷ trọng doanh số thu nợ KHCN chiếm lần lượt 30,1% và 36,2% và năm 2014 con số này tăng 133,3 tỷ đồng tương ứng 30,3% so với năm 2013.